Mặc dù Luật đầu thầu và các Thông tư quy định rõ: Lộ trình áp dụng lựa chọn nhà thầu qua mạng, Tổ chức lựa chọn nhà thầu qua mạng đối với toàn bộ (100%) các gói thầu áp dụng hình thức đấu thầu rộng rãi, chào hàng cạnh tranh thuộc lĩnh vực hàng hóa, dịch vụ phi tư vấn, dịch vụ tư vấn có giá gói thầu không quá 5 tỷ đồng… Tuy nhiên, tại một số cơ sở y tế hiện có tình trạng chia nhỏ gói thầu mua thuốc, vật tư y tế nhằm mục đích chỉ định thầu hoặc không phải qua đấu thầu. Việc làm này trái với quy định pháp luật, làm ảnh hưởng đến quyền lợi bệnh nhân cũng như quỹ KCB BHYT.